1幕冒頭、タミーノが大蛇に襲われかけます。

大蛇を退治し、タミーノを助ける侍女たち。タミーノの姿にメロメロです。

鳥人間　パパゲーノ登場。自分が大蛇を退治したと嘘をつき侍女からお仕置きをされます。

侍女たちは夜の女王さまからの思いをタミーノに伝えます。パミーナ姫を救ってください…
夜の女王さま登場。自ら思いを彼に伝え、タミーノは決意します。

侍女たちからタミーノには魔法の笛、パパゲーノには魔法の鈴を渡され、何かの時には3人の童子が導いてくれると告げられます。パミーナを捜しに行く二人。はじめに見つけたのはパパゲーノでした。

パパゲーノと話し、タミーノのことを知ったパミーナはタミーノに思いを馳せます。
そんな中パパゲーノにも大切に思う人はきっとみつかると諭されパミーナと二人で愛の二重唱を歌います。
一方、タミーノは童子達に導かれ、彼らの賢い教えを胸にザラストロの城へ進みます。
そこへある男から「ザラストロは本当に悪しき者であろうか…
　　目に見えることだけが真実とは限らない。勇気と友情がお前を城へと導く」と告げられます。

パパゲーノの笛の音にタミーノが応え、お互いの元へ急いで行こうとします。そんな中、パパゲーノとパミーナの元に二人を捕えようと奴隷たちが現れます。危機一髪のところ、パパゲーノが持つ銀の鈴の音の魅力に奴隷たちは引き込まれ歌いだし、踊りだして退散します。

パミーナはザラストロから逃れたことへの許しを請います。彼は全てわかっていました。ただ、まだパミーナを自由にはできないと伝えます。そこへタミーノが現れ、はじめて出会った二人はお互いの熱く固い気持ちを確認します。しかし、ザラストロは二人に試練を与えます。

ザラストロの家臣から封筒を渡されます。中には「試練その1 沈黙を守るべし」と書かれていました。
そこへ侍女三人が登場します。頑なに話そうとしないタミーノの態度に諦めて立ち去ろうとすると雷鳴が轟きます。

道に迷ってしまったパミーナの元に夜の女王が現れます。「この短剣でザラストロを殺し、太陽の輪を奪い返してくるんだ！わかったね」嫌がるパミーナを女王の迫力でねじ伏せ、復讐のアリアを歌います。
「ザラストロを殺さなければお前はもう娘ではない」

短剣を握りしめ途方に暮れているパミーナの元にザラストロが現れます。
「私にはザラストロさまを殺すことはできない…」
「全てわかっている。心配しなくていい」とザラストロは全てを許します。

一方、タミーノとパパゲーノ、
パパゲーノは文句ばかり、そこへ見知らぬ老婆が登場。パパゲーノに水やパンの入ったカゴを差し出します。話し相手のいない退屈なパパゲーノは老婆と会話を楽しむことにしました。
歳は18歳と2分という老婆に彼氏はパパゲーノと告げられ、慌てふためいてしまいます。老婆の正体は…
そして、沈黙を守れないパパゲーノに再び雷鳴が轟きます。

ザラストロとタミーノ
「タミーノよ、今は辛いだろうが耐えるのだ。これはパミーナへの試練でもある。パミーナ自身も、彼女の試練を乗り越えて二人で力を合わせた時、新たな世界が始まるのだ」
と、続く試練の道を進むのでした。

独り残されたパパゲーノ…
…俺も可愛い彼女か奥さんがほしいなぁ～と、ワインを片手に歌います。
いい気分に酔っ払って気がつくと、そこに先程の老婆が現れます。
老婆の強引なまでの説得によって、独りで居るよりマシか！と、二人で暮らす約束をします。すると老婆は途端にパパゲーナに！
驚いたのも束の間、またしても改心しないパパゲーノに雷鳴が轟きます。
そして二人は離れ離れになってしまいます。。

タミーノは試されるすべてを、魔笛とパミーナとの愛の力で乗り越え、友情と信頼を得てザラストロから戴冠されます。
昼の世界、夜の世界が１つになり幕となりました。